Hoa Kỳ phản đối sự mở rộng ảnh hưởng của Việt Nam ở Đông Dương, và vào giữa thập kỷ 1980 đã giúp đỡ cho những nhóm kháng chiến chống lại chế độ Heng Samrin, cung cấp hỗ trợ 5 triệu USD cho Mặt trận nhân dân giải phóng quốc gia Khmer (KPNLF) của cựu thủ tướng Son Sann và nhóm ủng hộ Sihanouk ANS năm 1985. Dù vậy chế độ Khmer Đỏ của Pol Pot vẫn là nhóm thiện chiến và có khả năng nhất trong số ba nhóm quân sự, và ba nhóm này dù có khác biệt về tư tưởng vẫn thành lập nên Chính phủ Campuchea dân chủ liên hiệp (CGDK) từ ba năm trước. Trung Quốc tiếp tục cung cấp hỗ trợ quân sự lớn cho Khmer Đỏ, và những người chỉ trích chính sách đối ngoại của Hoa Kỳ buộc tội rằng Hoa Kỳ đã viện trợ trực tiếp cho Khmer Đỏ vì sự công nhận CGDK của họ.[9][10][11]

Pol Pot chính thức từ chức năm 1985, nhưng trên thực tế vẫn là lãnh đạo Khmer Đỏ và là lực lượng chủ chốt bên trong liên minh chống Heng Samrin. Những đối thủ của Khmer Đỏ lên án họ thường hành động một cách phi nhân tính bên trong lãnh thổ do liên minh kiểm soát.

Năm 1989, Việt Nam rút quân khỏi Campuchia. Pol Pot từ chối hợp tác với tiến trình hoà bình, và vẫn tiếp tục chiến đấu với chính phủ liên hiệp mới. Khmer Đỏ tiếp tục chiến đấu tới tận năm 1996, khi quân đội của họ dần tan rã. Nhiều lãnh đạo Khmer Đỏ quan trọng bỏ đi.

Pol Pot ra lệnh hành quyết Son Sen, người trong nhiều năm là cánh tay phải và mười một thành viên trong gia đình Son Sen ngày 10 tháng 6 năm 1997 vì họ muốn hoà giải với chính phủ (ba ngày sau tin tức về vụ này mới tới tai cộng đồng quốc tế). Sau đó Pol Pot chạy sang cứ điểm của hắn ở phía bắc, nhưng sau đó bị lãnh đạo quân sự Khmer Đỏ là Ta Mok bắt giữ, và kết án quản thúc tại gia suốt đời. Tháng 4 năm 1998, Ta Mok chạy vào rừng đem theo Pol Pot khi bị chính phủ mới tấn công. Vài ngày sau, ngày 15 tháng 4 năm 1998, Pol Pot chết, nguyên nhân theo thông báo là bệnh tim. Xác Pol Pot được thiêu tại vùng nông thôn Campuchia với khoảng vài chục thành viên Khmer Đỏ tham gia. Theo họ, khi xác bị đốt, tay phải Pol Pot đã nắm lại hình nắm đấm và giơ lên cao.